办公室(主任：谭文强 电话：52379702）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担人大政协建议提案办理、信息、安全、保密等工作、
政工人事科（科长：李梅生 电话：52379727）
负责局机关和直属单位机构编制、人事劳资、考核奖惩、专业技术资格和职务评聘等有关管理工作；协助地方党委做好区县环境保护部门领导干部管理工作；承办组织全市环境保护系统行政表彰工作；指导全市环境保护系统人才队伍建设、在职人员培训、职（执）业资格评定等有关工作；负责全市环境保护系统人事统计工作。负责市委市政府绩效考核、县市区环保局、内部目标管理和考核工作。
机关党委（专职副书记：刘茝 52379737）
负责机关党建工作。
监察室（主任：陈存星 电话：52379725）
负责党纪党规宣传教育、党风廉政建设工作；负责行政许可、执法、处罚、专项资金使用等事项的监察；受理对监察对象的举报、控告及查处工作；督查局机关各项规章制度执行和廉政责任制贯彻执行；参与局系统财务的内部审计工作；参与市绩效考核、内部和县（市）区目标考核；负责局机关的行政效能、电子政务公开监察工作。
污染管理科（科长：肖佳 电话：52379721）
负责老污染源治理、管理；负责固固体废弃物管理废管理、危险废物进出口管理；负责辖区范围内核与辐射监管；负责城考、爱卫、新型城市化、创模等工作的环保指标的考核工作；负责环境应急安全等其他工作；负责清洁生产审核工作。负责流域、区域环境综合整治工作。
项目审批科（科长：王蔚知 电话：52379718）
负责全市、新、改、扩建项目的环保审批及项目保证金征收；负责各种新建项目和新污染违法案件的查处工作；负责两型社会建设方面工作；负责市绩效考核工作目标涉及到的项目审批的有关工作。
科技产业科（科长：刘启武 电话：52379715）
负责本市空气质量达标、城市集中饮用水源水质达标信息的采集、汇总、分发、分析等工作；负责全市新建项目的环保“三同时”验收、管理工作；负责组织环境质量和环境容量方面的研究工作；负责环境质量统计及信息工作；负责全市环保产业管理工作；协调监测站科研院工作，开展机动车尾气治理工作和环保项目引进工作；负责全市环保科研、科技日常工作及成果鉴定、推广和管理工作，负责全市环保对外国际合作交流工作；组织协调全市环境管理体系认证；负责环保标准的落实与实施；治理设施运营资质管理。
法制宣教科（科长：何宇 电话：52379712）
承担局机关规范性文件审核工作；负责环保行政处罚案件审理、行政复议以及行政应诉等工作；宏观指导和监督全市环境保护依法行政工作。负责组织、指导和协调全市环境保护宣传、教育工作。承担环保世纪行、人大政协建议提案办理。承担全市创绿等社会表彰工作。归口管理社会公众环保业务培训。
规划财务科（主任：丁华 52379732）
组织织编制全市环境功能区划，环境保护规划，协调、审核、环境保护专项规划；负责环保专项资金立项、包装和申报；认真执行党和国家的财经政策和标准制度，拟定贯彻落实的具体措施。承担机关、直属单位财务内部审计工作；编审经费预、决算和会计报表，审核经费开支，制定规划，合理安排使用经费；组织指导经费核算，加强银行账户和现金管理，计划申报、拨付、清理结算各项经费，及时准确反映经费收支和预算执行情况。
湘潭市排污产权交易所（所长：贺利民 52379759）
组织实施排污权有偿使用与交易活动、根据环境保护行政主管部门授权，实施主要污染物排污权储备、建立排污权有偿使用和交易档案，为排污许可证管理、建设项目审批与竣工验收、污染治理资金审批等环境管理活动提供基础信息、建设排污权有偿使用与交易平台，收集和发布排污权有偿使用与交易的信息，为排污权交易提供场所、设施、签订合同和价款结算等服务。
湘潭市污染减排办公室（主任：李雨青 52379749）
负责全市污染减排规划、计划的拟制和实施工作；负责并指导主要污染物减排工程的制定、督办、调度、验收工作；负责全市污染物减排落实情况的监督、检查、督促和考核工作。
农村环境保护办公室（主任：冯卫 电话：52379788）
负责指导、协调、监督生态保护工作，组织编制全市生态保护规划，协调并监督相关部门开展生态保护工作；组织开展全市生态评估；指导协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动，重要生态环境建设和生态破坏恢复工作，负责生物多样性保护，生物物种资源和生物安全管理工作，协协野生动植物保护，湿地环境保护；组织协调农村环境保护工作，监督管理农村土壤污染防治工作，组织指导农村环境综合整治工作；指导生态示范建设和生态农业建设。
行政后勤中心（主任：李建韶 电话：52379785）
负责局机关院内物业、消防、安全、保卫；负责水、电、气协调供应；负责车辆购置、管理、使用、维护；负责局机关物资采购；负责职工食堂管理；负责社会综合维稳工作；负责车队临时工管理。
环境监察支队（支队长：杜明 电话：52379769）
依法对本行政内污染治理设施运行、建设项目执行“三同时”制度、限期治理项目、核安全设施、农业生态环境和水污染与生态破坏事件进行现场监督和立案查处。负责对当地人民政府或者环境保护行政主管部门作出的行政处罚决定的执行情况进行监督检查；依法、依责对辖区或者跨区域的环境污染事故、污染纠纷及检举控告的环境违法行为进行调查、处理；负责环保12369投诉接、转、处警及来信来访处理；负责排污许可证的核发、年审及督察排污单位执行情况；负责污水、废气、固废、噪声、放射性物质等超标排污费和排污费核定、征收及排污费财务管理工作；负责清洁能源推广工作；参与编制污染治理项目年度计划，并对治理项目计划执行情况进行监督检查；按统一规范管理指导本行政区的环境监察业务工作，执行环境监察报告制度。
环境应急指挥中心（主任：谭劲松 电话：52379782）
负责污染源在线监控管理、信息化建设、信息化管理、政务公开等相关工作。
湘潭市环境保护监测站（站长：李山红 电话：52379818）
负责湘潭市环境质量监测、污染源监督性监测和突发环境污染事件应急监测工作；承担湘潭市环境监测网的建设和运行，收集、管理环境监测数据，开展环境状况调查和评价，编制环境监测报告；承担湘潭市机动车尾气检测工作；负责湘潭市环境监测系统专业技术人员的技术培训；开展环境监测领域科学研究，承担环境监测技术规范、方法研究以及国际合作和交流。
湘潭市环境科学研究院（院长：谈健 电话：52379869）
为企事业单位的新建、改扩建及技术改造项目进行环境影响科学评价和预测；为区域性的环境进行现状评价和预测；为新、老污染源的控制和环境工程治理提出科学的治理方案；为社会提供环保技术咨询；开展环保设备科学研究，环保产品技术开发；对各类废弃物进行综合利用、处理，提高环境质量；为建设项目提供工程环境监理服务；为企事业单位企业提供环保设施第三方营运服务。